ต่อมาได้ขยายความร่วมมือไปสู่สาขาวิชาการอื่นๆ ได้แก่ พืชผัก ไม้ดอก ประมง การพัฒนาที่ดิน และการปรับภูมิทัศน์ พร้อมทั้งจัดตั้งโครงการหลวงของราชอาณาจักรภูฏานขึ้น โดยโครงการหลวงไทยได้ไปช่วยจัดทำแปลงสาธิตในพื้นที่โครงการหลวงภูฏาน ๒ แห่ง คือ เดเชนโชริง (Dechencholing) เมืองทิมพู และ ชิมิปัง (Chimipang) เมืองพูนาคา และขยายไปยังสถานีวิจัยยูสิปัง (Yusipang) และสถาบันประมง National Research Center for Riverine & Lake Fisheries เมืองฮาร์ (Haa ) พร้อมทั้งให้ความรู้และฝึกทักษะแก่เจ้าหน้าที่ของภูฏาน ตามแนวทางการดำเนินงานของโครงการหลวง ทั้งด้านเทคโนโลยีการผลิต การบริหารจัดการ การพัฒนาที่ดิน การปรับภูมิทัศน์ การขยายพันธุ์พืชผัก และการประมง เพื่อให้เจ้าหน้าที่ของโครงการหลวงภูฏานสามารถถ่ายทอดองค์ความรู้ให้แก่เกษตรกรในระยะต่อไปได้ รวมทั้งพัฒนาพื้นที่โครงการหลวงภูฏานให้เป็นศูนย์เรียนรู้ด้านการเกษตรของชาวภูฏาน โดยผลผลิตทางการเกษตรที่ได้จากโครงการหลวงภูฏาน สามารถช่วยลดการนำเข้าสินค้าเกษตรจากต่างประเทศได้ นับว่าเป็นผลสำเร็จภายใต้ความร่วมมือระหว่างมูลนิธิโครงการหลวงของไทย และโครงการหลวงภูฏาน

พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงมีพระราชปณิธานที่จะสืบสาน รักษา และต่อยอด การดำเนินงานของมูลนิธิโครงการหลวง ให้มีความต่อเนื่อง ยั่งยืน เป็นไปตามพระราชประสงค์ของพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตรในการดําเนินการเพื่อสาธารณประโยชน์ อันเป็นประโยชน์ต่อประชาชนและประเทศชาติโดยส่วนรวม จึงให้การสนับสนุนและพัฒนาความร่วมมือด้านวิชาการและการพัฒนาการเกษตรร่วมกันระหว่างมูลนิธิโครงการหลวงของไทย และโครงการหลวงภูฏานอย่างต่อเนื่อง โดยมีการวางแผนต่อยอดการสนับสนุนด้านการผลิตไม้ดอก ไม้ผล พืชผัก เทคโนโลยีการจัดการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ รวมไปถึงการพัฒนาศักยภาพพืชท้องถิ่นของภูฏาน เพื่อพัฒนาให้เป็นผลิตภัณฑ์ที่มีเอกลักษณ์ และการสนับสนุนด้านอื่น ๆ ที่เป็นความต้องการของภูฏาน ซึ่งความร่วมมือนี้เป็นหนึ่งในนโยบายของโครงการหลวง สนองในพระราชปณิธาน สืบสาน รักษา และต่อยอดงานของโครงการหลวงให้เกิดประโยชน์แก่ประเทศ และนานาชาติ