ความเป็นมาของคณะผู้แทนพิเศษของรัฐบาล
 
ที่ผ่านมาจังหวัดชายแดนภาคใต้ถือเป็นอีกหนึ่งปัญหาสำคัญที่ส่งผลต่อความมั่นคงของประเทศ ความไม่สงบในพื้นที่ได้ส่งผลกระทบในหลายด้านเป็นวงกว้าง ดังนั้นรัฐบาลจึงวางยุทธศาสตร์เพื่อให้การดำเนินการต่างๆมีประสิทธิภาพมากขึ้น มีการปฏิบัติงานอย่างบูรณาการและเป็นเอกภาพ เพื่อให้เกิดความเชื่อมั่นของประชาชน ตลอดจนบรรยากาศที่เอื้อต่อการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคม โดยแบ่งการบริหารงานเป็น ๓ ระดับ ได้แก่ระดับนโยบาย ระดับแปลงนโยบายไปสู่การปฏิบัติ และระดับหน่วยปฏิบัติ โดยเริ่มจากระดับนโยบาย จะกำหนดนโยบายและแนวทางแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ให้สอดคล้องกับนโยบายการบริหารและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยมีสำนักงานสภาความมั่นคงให้คำปรึกษา
ต่อไปคือระดับแปลงนโยบายไปสู่การปฏิบัติ ผู้ที่ปฏิบัติงานหลักในส่วนนี้ คือคณะกรรมการขับเคลื่อนการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ (คปต.) ทำหน้าที่ดูแผนงานต่างๆ ด้านการแก้ไขปัญหา บางเรื่องที่ช้าก็ทำให้เร็วขึ้น เรื่องที่ยากก็ทำให้ง่ายขึ้น ให้บูรณาการการทำงานของหลายหน่วยงาน และส่วนสุดท้ายที่เป็นตัวขับเคลื่อนการแก้ไขปัญหาชายแดนภาคใต้ ก็คือระดับหน่วยปฏิบัติ มีกองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในภาค ๔ ส่วนหน้าเป็นหน่วยงานหลัก จากการประเมินผลแผนการดำเนินการในสามระดับนี้ ถือว่าเป็นที่น่าพึงพอใจ ทำให้สถานการณ์จังหวัดชายแดนภาคใต้คลี่คลาย ประชาชนมีความเชื่อมั่น การแก้ไขปัญหาเร่งด่วนตอบสนองข้อเรียกร้องของประชาชนหลายเรื่อง แต่เพื่อการพัฒนาไปสู่ทิศทางที่ดีขึ้น รัฐบาลจึงต้องมีการปรับปรุงการบริหารเพื่อแก้ไขปัญหาชายแดนภาคใต้ โดยให้กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร (กอ.รมน.) และศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ มีอำนาจแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ตามกฎหมายที่เกี่ยวข้อง มีคณะกรรมการขับเคลื่อนการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ (คปต.) เป็นฝ่ายแปลงนโยบายไปสู่การปฏิบัติ โดยรัฐบาลได้ตั้งคณะผู้แทนพิเศษของรัฐบาลในการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้เพิ่มขึ้นมา ทำหน้าที่ประสานงานระหว่างคณะรัฐมนตรีและราชการส่วนกลางกับหน่วยงานในพื้นที่ ประสานงานกับรัฐมนตรีที่นายกรัฐมนตรีมอบหมายให้กำกับและติดตามการปฏิบัติราชการในเขตตรวจราชการจังหวัดชายแดนภาคใต้ ประสานงานกับคณะกรรมการขับเคลื่อนการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ (คปต.) , กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร (กอ.รมน.) , ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.) , จังหวัด , ส่วนราชการ และภาคส่วนต่างๆ ในการเชื่อมโยงงานให้เกิดการบูรณาการและปรับปรุงประสิทธิภาพในการปฏิบัติและการพัฒนาตลอดจนให้คำแนะนำแก่เจ้าหน้าที่ในพื้นที่โดยไม่ขัดต่อกฎหมายโดยไม่มีอำนาจวินิจฉัยสั่งการ และให้รายงานปัญหา อุปสรรค ตลอดจนเสนอแนวทางการป้องกันหรือแก้ไขปัญหาต่อนายกรัฐมนตรีเป็นระยะๆ
สำหรับเป้าหมายการทำโรดแมปของคณะผู้แทนพิเศษของรัฐบาล ล้วนมีเป้าหมายที่ตรงกันคือการพัฒนาพื้นที่ไปสู่สันติสุข ประชาชนมีชีวิตความเป็นอยู่ที่ดี มีความปลอดภัยในชีวิตและทรัพย์สิน สามารถร่วมกันพัฒนาและปฏิรูปประเทศตามแนวทางประชารัฐ สร้างความมั่นคง มั่งคั่ง และยั่งยืน ไม่ทิ้งผู้ใดไว้ข้างหลังโดยมีวิธีการขับเคลื่อนตามกรอบ ๗ กลุ่มงาน ให้แต่ละงานเดินหน้าไปพร้อมๆกัน
๑. งานรักษาความปลอดภัยในชีวิตและทรัพย์สิน
ผู้รับผิดชอบ : พลเอก ปราการ ชลยุทธ
๒. งานอำนวยความยุติธรรมและเยียวยาผู้ได้รับผลกระทบ
ผู้รับผิดชอบ : พลเอก สกล ชื่นตระกูล
และ พล.ต.ท. ไพฑูรย์ ชูชัยยะ
๓. งานสร้างความเข้าใจทั้งใน และต่างประเทศ/เรื่องสิทธิมนุษยชน
ผู้รับผิดชอบ : พล เอกมณี จันทร์ทิพย์
๔. งานการศึกษา ศาสนา และศิลปวัฒนธรรม
ผู้รับผิดชอบ : พลเอก สุรเชษฐ์ ชัยวงศ์
และพลโท วิวรรธน์ ปฐมภาคย์
๕. งานพัฒนาตามศักยภาพของพื้นที่ และคุณภาพชีวิตของประชาชน
ผู้รับผิดชอบ : นาย ภาณุ อุทัยรัตน์
และนาย จำนัล เหมือนดำ
๖. งานเพิ่มประสิทธิภาพภาครัฐ และงานขับเคลื่อนนโยบาย
ผู้รับผิดชอบ : พลเอก จำลอง คุณสงค์
และนาย พรชาติ บุนนาค
๗. งานแสวงหาทางออกจากความขัดแย้งโดยสันติวิธี
ผู้รับผิดชอบ : พลเอก อุดมชัย ธรรมสาโรรัชต์
และ พลเอกอักษรา เกิดผล